私はこの２年間、DAPALR と名付けたミジンコの性決定遺伝子 Dsx1 を制御する長鎖ノンコーディング RNA の解析を進めてきました。一昨年の春、公募班に参加させていただいたころ、ノックダウンや過剰発現で面白い表現型が出るものの、DAPALR の分子の実態については謎ばかりで、当時の箱根の火山状況のようにこの先どうなるのか先行きが不透明でした。本領域でたくさんいただいたアドバイスが本当に参考になり、おかげさまで少しずつですが実態が明らかなってきたように思います。今回は、最も印象に残っている研究成果について紹介いたします。

私立大学の入試が立て込んでいるクソ忙しい時期に素敵なお題「領域前半を振り返って」というプレゼントをいただきました。でも、前半の総括というのであればこの時期しかないですね。

２年間を振り返ってみると予期しないことの連続でした。

早いもので，私がこのライフサイエンスの分野に入って今年で２０年です。

私は，元々修士まで化学を専攻してきて，1997年に鳥取大学の押村光雄先生のラボに大学院生として入学したのがライフサイエンス研究の始まりです。最初のテーマは学位論文でもあるゲノム刷り込み現象の制御機構の解明でした。その当時，哺乳類には１００個程度の親由来特異的に遺伝子発現を呈するものがあって，どうもその制御にタンパク質をコードしないノンコーディングRNAなるものが何かしらの機能を持っているらしいという程度の認識でした。私は，学位論文の中で，LIT1と呼ばれる父性発現を呈するノンコーディングRNAを潰すと，周囲の本来発現することのなかった母性発現遺伝子の活性化を見出しました。今でこそ，LIT1lncRNAがヒストン修飾酵素群を周囲の母性発現遺伝子近傍にリクルートし，ヒストン修飾を変化させることでゲノム刷り込み現象を制御していると考えられていますが，大学院生であったあの頃の私はノンコーディングRNAがゲノム刷り込み制御に関与していることを示せ，とてもエキサイティングした覚えがあります。

　2年間、大変お世話になりました。沢山の新進気鋭の研究者と知り合うことができ、研究や仲間の広がりという意味では大変実り多い２年間でした。

　私が本領域に参加した頃には、PAR-CLIP法というRNA結合タンパク質の標的を網羅的に同定する手法をラボ内でできるようになって数年が経過した頃 でした。この領域の発展は目覚ましいものがあり、最初にHITS-CLIP法が発表されてから、PAR-CLIP法、iCLIP法と改変され、その後も hiCLIP法、eCLIP法と新たな解析法が発表されました。また、修飾を解析するmiCLIP法やRNA結合タンパク質を網羅的に同定するPAR- CL法などCLIP法を原点とした派生法も多く誕生しました。PAR-CL法を使った論文によると、ヒトには最大1,500個ものRNA結合タンパク質が 存在する可能性が示唆されています。その大方は標的も機能も定かではないものですので、私はこれらの論文を読んだ時に、次々機能未知のRNA結合タンパク 質にPAR-CLIPを行えば、当分の間飯の種には困らないのではないかと考えたものでした。　 　

そんなことを言われたらドキッとしますよね。
つい先日北海道で行われた領域会議の後の食事の後のお部屋で三次会の一幕。ここでは匿名でNさん、としておきますが、なんでそうなったのか忘れましたが、行き場がなくてたどり着いたホテルの一室で(誤解を招く書き方か)Nさんとの激論？が起こったのでありました。

私はトランスポゾンを抑える働きをもつpiRNAという小分子非コードRNAについて、この領域で研究を進めてきました。なかでも、Piwiタンパク質とpiRNAの複合体は核内で転写レベルの発現制御を行うことが知られていますが、そのメカニズムを明らかにするべく、次世代シーケンサーを用いたエピジェネティクス解析をメインに進めてきました。その結果、Piwi-piRNA複合体が、ヒストンH1やHP1aなど複数のタンパク質を介してクロマチンの構造を制御することにより標的となるトランスポゾンを抑制する、というモデルを提唱することができました（詳細についてはこちらでまとめています）。

「中川さんSIMって知ってる？やばいらしいよやばい。ミトコンドリアの内膜が見えるらしいんだよね。やばい。」と、
本領域の計画班員の鈴木勉さんから超解像顕微鏡のことを初めて聞いたのは2010年のこと。ちょうど、GérardさんとArchaさんたちが電子顕微鏡観察でパラスペックル内部でNeat1が規則正しく折りたたまれていることを報告した直後で、それだけやばい顕微鏡であればミトコンドリアの直径とさして変わらないパラスペックルの内部構造も綺麗に分かるに違いない！と、意気込んで大船のニコンの開発部にあるデモ機に早速サンプルを持ち込んで撮影してもらったのですが、ただの点にしか見えず。なんだこれ、大したことないやん。とか思っていたのですが、当時はカバーガラス厚が重要、マウント剤の屈折率が重要、カバーガラスをサンプルに乗せるのではダメ（カバーガラスにサンプルを貼り付ける・細胞を培養する）ということ正しく理解しておらず、点にしか見えなかったのは後から考えてみれば単にサンプルの調整の問題でした。ニコンさん、ごめんなさい。無知とは怖いものです。

多田隈さんトリビアその1: 多田隈さんは一分子イメージングの専門家である。

多田隈さんと最初にお会いしたのは2009年の5月。研究室の中でRNAサイレンシングまわりの生化学系が色々と立ち上がりつつあった中、一分子イメージングを使って何か面白いことができないだろうか、という漠然とした興味をもち、柏の上田卓也先生・田口英樹先生の研究室(当時)に出かけていった時であった。雑多なアイデアを出し合い、話はとても盛り上がったものの、具体的に何をどう進めるのが良いかということに結論は出ず、とりあえずタンパク質に蛍光色素を導入するためのプラスミドを分注してもらって帰ってきた。

　私は幼少時代、父が設計した家で暮らしていました。外壁に真っ白なアスベストが組み合わさった幾何学的デザインの異彩を放つ家で、風呂もトイレも二階にしかありませんでした。居間でテレビに熱中していて、ふとトイレに行きたくなると、階段をダダダッと駆け上がって用を足し、そしてまたダダダッと戻ってくる、というのが我が家の習慣でした。ある日、遊びに来た友達に「どうしてトイレを一階に作らなかったの？」と真顔で尋ねられて、初めて自分が不可思議な家に住んでいることを認識したものでした。その頃よく聞かされたのは、上野動物園のゴリラ舎を父が設計し、そこにはブルブルという名物ゴリラが暮らしていること、都内には父が携わった建物がいくつかあるらしいことでした。

投稿が遅れてすみません。。。東大の谷上です。。。

今まで転写制御をメインに研究してきたので、遺伝子の発現変動を見ている時間が三度の飯より多い気がします。

ChIP-seq, RNA-seqのデータから面白そうな遺伝子を見つけてはRNAiでつぶす、、、という実験を良く行うのですが、いつも実験する前に（楽して）結果知りたいなぁと思っています。

なるべく実験しない方が、安あがりですし。

世の中には便利なデータベースや有用なデータセットが多数存在していて、皆さん解析結果をどんどん載せていってくれます。

今回は、僕が良く使うデータベースを紹介します。

ポチポチインフォマティシャンになれば、実験する前に、なんなら論文を見る前に、機能や制御因子、メカニズムが想像できるようになるかも、、、？