投稿が遅れてすみません。。。東大の谷上です。。。

今まで転写制御をメインに研究してきたので、遺伝子の発現変動を見ている時間が三度の飯より多い気がします。

ChIP-seq, RNA-seqのデータから面白そうな遺伝子を見つけてはRNAiでつぶす、、、という実験を良く行うのですが、いつも実験する前に（楽して）結果知りたいなぁと思っています。

なるべく実験しない方が、安あがりですし。

世の中には便利なデータベースや有用なデータセットが多数存在していて、皆さん解析結果をどんどん載せていってくれます。

今回は、僕が良く使うデータベースを紹介します。

ポチポチインフォマティシャンになれば、実験する前に、なんなら論文を見る前に、機能や制御因子、メカニズムが想像できるようになるかも、、、？

　どの分野でもそうかもしれないが、バイオインフォマティクスは研究の本質と関係ないところに時間を食われることが多い。昔、バイオインフォマティクス研究者の研究時間の７割は、ファイルのフォーマット変換に費やされていると揶揄（自虐？）されていた。実は、これは手入力ファイルを機械で読み取ることが多かった昔だけの話ではなく、現在でもかなりの時間が単なるファイル形式の変換に費やされている。

　次世代シーケンサー周りだと、Fasta形式、Fastq形式, SAM形式、BAM形式、VCF形式、BED形式、GTF形式などの各ファイル形式を延々と行ったり来たりすることが多いだろう。

　技と言われて、ここのところの懸案を。

　私は、コンピューターの上での仕事が多いにも関わらず、未だに結構古いOSのマシンを使っています。

次世代シーケンス等を利用した大量データ解析は、自分の性格に向いていないのではないかなと、感じることがある。予想と違い、ネガティブ（変化のない結果）な結果の時に、すっぱとやめることができない。はじめてのメチローム解析は、労力をかけた分、色心をだして、本筋から外れたおもしろそうな事象に、つい、手をだしてしまうのである。その領域をつめるにも、それなりに時間がかかり、あ〜〜〜本筋から外れた。と反省するのだ。

昨今，格段に酵素やキット類が充実して，誰でも簡単に実験ができている気がします。例えば，プラスミドベクター作り一つとっても最近は，in-Fusionなんかが出てきて，簡単に目的の遺伝子を目的の部位に挿入することができます。一昔前は，プラスミドマップを眺め，どの制限酵素を使えばよいか考え，頭を悩ましていました。また，制限酵素処理したプラスミドや遺伝子断片は，アガロース電気泳動で分離し，ゲルから目的のバンドを切り出し，透析チューブを使って抽出するなんてこともしてました。現在では考えられませんね。このようなキット全盛の時代とともに，諸先輩方が持っていた「私の技」というのも最近めっきり減ってきた気がします。でも，今回の皆さんの投稿を拝見し，まだまだいろいろと「私の技・カイゼン術」があるもんだなあと感心いたしました。

バイオロジーの分野で研究をされている方であれば、研究対象や使っている生物にかかわらず、多かれ少なかれ細胞を使った実験をされているのではと思います。どのような細胞を使うかは研究の目的やら行う実験、対象としている生物で大体決まってくるのかと思いますが、

動物のブリーディング(breeding)と聞いて皆さんは、どんな動物を思い浮かべるでしょうか？血統書付きのワンちゃんでしょうか、それとも競馬の競走馬、はたまた牛や豚などの家畜動物でしょうか？それぞれ、繁殖にはきっと「こつ」があり、季節や動物の健康状態、交配環境など適した条件が必要だと思います。時には、人工授精などの先端の技術が使われることもあると思います。

氷（0円）、砂糖（2 円/g）、、、

とても身近で安価なこれらが、ミジンコの卵へのインジェクション法改善の肝です。

研究においては、予想通りの結果にならないことは日常茶飯事である。しかし、それが大発見であることは極めて稀で、大概はどこかで何かを間違えた結果であることがほとんどだと思う。自分で実験していた頃は、あのステップで間違ったかもしれないなと振り返ることは比較的容易だった。しかし、PIになるとそうはいかない。学生が持ってくる様々な不思議な結果について、探偵のごとく推論を重ねるしかない。本当は学生自ら解決して欲しいのだが、何人もの学生を指導していると、だいたい４通りのパターンに分類できることを学習した。

第一回の、ヒッチコックから、(個人的に)懐かしのRNA ligationへと繋がる気合の入った文章に始まり、研究室をハックしてしまう先生、1人3交代制や朝5時起床のスーパーマン・スーパーウーマンの文章を読みつつ、ハタと考えました。

特にこれといった技・カイゼン術がない私、今回はまったりな話題として、大学の裏山？の散歩を取り上げます。