５年余に渡り愛用してきた初代Macbook 12 inchなのですが、ある朝蓋を開けてみると液晶にヒビが。あっ、これやばいやつだと思っていたら見る見るうちにヒビが全面に広がり、お亡くなりになってしまいました。本体は生きているので外部モニタをつないで余生を送ってもらうことにしましたが、モバイル用のPCをなんとかしなくてはいけないということで、AppleシリコンM1のMacbook Airを新規購入しました。AppleのOSはいろんなツールが動かなくなるのが嫌なのでHigh Sierra後のアップデートを渋っていたのですが、新着のMBAに入っているBig Sur & Appleシリコンで何がどの程度動くのか、ちょっとマッピングまでやってみました。

ドメイン構造書いちゃいましたRスクリプトの反響が意外と大きかったので、調子に乗ってドメイン構造と、それぞれのアミノ酸残基が持つvalue－例えばPLAACによるプリオン様ドメインスコアとIUPred2による天然変性ドメインスコアを重ね合わせるスクリプトを書いてみました。一見面倒くさそうですが、一度Rのスクリプトを書いてしまえば、あとは最初に放り込むファイル名だけ変えれば簡単に書くことができます。需要がどれだけあるかわかりませんが、、、

ncRNAの研究をやっているとRNAだけではなく当然それらと相互作用するタンパク質の研究も深く関わってくるわけですが、プレゼンや論文でよく出てくるのがタンパク質のドメイン構造。これまでですとPfamで検索して出てきた構造をイメージキャプチャで切り取って貼り付けるというのが常套手段で、ちょっと手を加えるにしてもその図をイラレやパワポに取り込んでトレースしてそれらしく見せるという、手間がかかる割に元の情報を劣化させてるシーシュポスの神話ばりの意味なし作業をすることが多かったのですが、今の時代もうすこしすっきり綺麗にお手軽に書けないものだろうかと「タンパク質 ドメイン構造　検索」で検索したら、日頃よくお世話になっているKazumaxneoさんのmacでインフォマティックスシリーズの「タンパク質ドメインを検索する HMMER」というページがヒットして、読んでると意外となんとかなりそうだったのであれこれあれこれやってみたメモ書きをここに置いておきます。

ん？まだこのサイト残ってるようですので、メモ代わりに。

この時期、というか本来ならもうちょっと前の時期は、科研費の実績報告書書きシーズンで、毎回めんどくさいなあと思うのが、論文リストの打ち込み。Pubmedでサーチしてコピペして入れられたらどんなに楽か、といつも思うのですが、なかなかそういう対応にはなりそうにありません。でも、PubmedにはCSV形式でデータを出力する機能はあります。また、KAKENのシステムもCSVの取り込み機能はあります。でもそれがそのまま取り込めるわけではないので、結局ちまちまエクセルでコピペする羽目になります。そんなめんどくさいことやってられないので（オメーの論文なんてそんなに多くないんだからさっさとコピペした方が早いじゃないかというツッコミは置いといて）Rの正規表現の勉強がてら、簡単にフォーマットを変換できるRスクリプト作ってみました。

ここのところ発生生物学界隈では1細胞解析が大ブームです。「マウスの初期胚完全に理解した」みたいなサイトも整備されてきて、その勢いとどまるところを知らず。「細胞ばらしてクラス分けしただけで何が嬉しいの？」とか言ってる口の悪い人もいるようですが、「ス、スゲエ、、、」というのがやはり多くの人にとっての第一印象ではないかと思います。で、この一細胞解析で必ずと言って出てくるのがtSNE解析。膨大な遺伝子発現のデータから、この細胞は似ている、この細胞は似ていない、と、二次元プロット上に可視化することができる解析法になります。専門的には「次元下げ」というみたいですが、これ、eCLIPのデータで使ってみたらいろんな転写産物を細胞タイプみたいに分類できるかも？ということで、こちらの記事を参考に、ちょっと遊んでみました。

　北大に異動したときに浅原さんに送っていただいた胡蝶蘭。気の遠くなるほど積み重なった廃棄物品と引っ越しダンボールでエントロピーMaxに振れ切ったラボにあって、その清楚で毅然と咲き誇る花はまさに掃き溜めに鶴の趣がありました。しかしながら、一通り咲き終わった後は鉢の植え替えはしたものの、水やりを忘れることもしばしば。毎年何枚か葉っぱが出て何枚か葉っぱが枯れるだけのただの観葉植物と化していました。「胡蝶蘭」「花」「咲かない」と検索すればわんさか情報がでてくるものの、「ポスドク」「職」「見つからない」でかつてボスドク時代に検索していたころと同じく、そんなものかいなあととりあえず納得する以上でも以下でもない情報しか出てこないものですから、枯れない程度に世話をする、そういう状態がずっとつづいていました。

今年は暖冬ということですが、それでもここ数日で急に冷え込んでまいりました。札幌はもう一面の銀世界。この季節の風物詩といえば、分子生物学会、そして年々どっちがメインかわからなくなってきている、今年はちょっとすごいTokyo RNA Clubです。というわけでTokyo RNA Clubのゲストスピーカー、並びにサテライト、もとい、メインの分子生物学会でのセッションの紹介です。

CSHL Asiaに初めて参加してきました。会場は上海のすぐ西にある蘇州。KeystoneにしてもGordonにしてもEMBOにしても、この手の泊まり込みミーティングは大概欧米で開催されるのでたどり着くまで一苦労。ついたらついたで時差ぼけで、頭は朦朧、体はクタクタ、というのが相場でしたが、飛び立って3時間足らずでもう上海。感覚的には新千歳から熊本に行くのとほとんど変わらず、ああそうかヨーロッパの人達やアメリカの人達はこんな感じに気軽に来ているのか、そりゃ交流も盛んになるわいな、というのを改めて強く感じました。そういう意味ではこれだけ近場で隔年でRNA関連のCSHL meetingが開催されるというのはとてもありがたく、再来年はorganizing committeの萩原さんによれば淡路島で開催されるらしいので、今からとても楽しみであります。

どこでもだれでも簡便に驚きの高効率で変異マウスが作れる東海大の大塚さん・鹿児島大の佐藤さん開発のiGONAD法。うちのラボに導入して一年半余りたち、ようやくコツらしきものが掴めてきました。講習会で教えていただいた神業の域にはまだまだ達していませんが、「素人」が手を出してどこにつまづいたのか、どうやって改善できたのかをまとめておきたいと思います。

公共データベースから大量にsraファイルをダウンロードしてきたり、自前のRNAseqのデータがわんさかある時、フォルダ内のファイル名を取得して一括処理する場面が往々にして出てきます。Rの場合はlist.filesという便利なコマンドがあるのでファイル名をベクターに入れてforループでまわせば良いですが、ターミナルの時はどうするんだろう？スペイン語をマスターするとイタリア語もある程度わかるらしいですが、Rをちょとかじったぐらいではターミナルのbashはとてもとても、、、とりあえずググってもなんだか？の記事ばかりで、まあ、このあたりは検索ワードのチョイスのセンスがないと路頭に迷いがちなのですが、なんとかとてもわかりやすい記事にたどりつきました。早速その内容を取り入れてサルマップ2018のまとめをアップデートして、ついでに少しでも同じような境遇で同じようにつまづいているベンチ屋と情報共有しようとTWしたら、これがすごい勢いでレスがついてなんだかすごく役に立ちそうなので、こちらにまとめておきます。