ncRNA+Blog NEO

ncRNA+Blog NEO

新学術領域研究「ノンコーディング RNA ネオタクソノミ」の公式ブログです。コメントはどなたでも歓迎します。

2017年02月17日(金)

DAPALR = 脚?

投稿者:

私はこの2年間、DAPALR と名付けたミジンコの性決定遺伝子 Dsx1 を制御する長鎖ノンコーディング RNA の解析を進めてきました。一昨年の春、公募班に参加させていただいたころ、ノックダウンや過剰発現で面白い表現型が出るものの、DAPALR の分子の実態については謎ばかりで、当時の箱根の火山状況のようにこの先どうなるのか先行きが不透明でした。本領域でたくさんいただいたアドバイスが本当に参考になり、おかげさまで少しずつですが実態が明らかなってきたように思います。今回は、最も印象に残っている研究成果について紹介いたします。

2017年02月13日(月)

サンフランシスコとベイエリア

投稿者:

公募班で、東京大学秋山研助教の谷上です。

今年2度目の若手支援制度を利用し、アメリカの最先端都市サンフランシスコで開かれた、ASCB 2016 (The American Society for Cell Biology 2016) に参加し、ポスター発表をしてきました。学会とベイエリアの様子をレポートします。

2017年02月13日(月)

KEYSTONE参加報告

投稿者:

2017年2月5日から9日にかけて、カナダのバンフで開催されたKeystone Symposiaに参加しました、北大 廣瀬研の特別研究員の中條と申します。

今回は2つのミーティング Protein-RNA Interactions: Scale, Mechanisms, Structure and Function of Coding and Noncoding RNPs 、およびNoncoding RNAs: From Disease to Targeted Therapeuticsが共同開催され、約500名が参加しました。

2017年02月10日(金)

予期しないことの連続

投稿者:

私立大学の入試が立て込んでいるクソ忙しい時期に素敵なお題「領域前半を振り返って」というプレゼントをいただきました。でも、前半の総括というのであればこの時期しかないですね。

2年間を振り返ってみると予期しないことの連続でした。

2017年02月09日(木)

20年

投稿者:

早いもので,私がこのライフサイエンスの分野に入って今年で20年です。

私は,元々修士まで化学を専攻してきて,1997年に鳥取大学の押村光雄先生のラボに大学院生として入学したのがライフサイエンス研究の始まりです。最初のテーマは学位論文でもあるゲノム刷り込み現象の制御機構の解明でした。その当時,哺乳類には100個程度の親由来特異的に遺伝子発現を呈するものがあって,どうもその制御にタンパク質をコードしないノンコーディングRNAなるものが何かしらの機能を持っているらしいという程度の認識でした。私は,学位論文の中で,LIT1と呼ばれる父性発現を呈するノンコーディングRNAを潰すと,周囲の本来発現することのなかった母性発現遺伝子の活性化を見出しました。今でこそ,LIT1lncRNAがヒストン修飾酵素群を周囲の母性発現遺伝子近傍にリクルートし,ヒストン修飾を変化させることでゲノム刷り込み現象を制御していると考えられていますが,大学院生であったあの頃の私はノンコーディングRNAがゲノム刷り込み制御に関与していることを示せ,とてもエキサイティングした覚えがあります。

 

東京大学、塩見研究室所属、修士2年の木下と申します。

この度、本領域の支援を頂いて、アメリカ、ニューヨーク州のCold Spring Harbor研究所で行われたCSHL meeting Regulatory & Non-Coding RNAsに参加し、ポスター発表をいたしました。大変日にちが空いてしまい申し訳ありませんが、遅ればせながらご報告いたします。

2017年02月07日(火)

Rの魔法(2)〜PPAPから作図まで

投稿者:

ピペットマンとピンセットばかり握っていたベンチ屋がMoistureを目指す時、越えなければいけない最初の壁がTerminalのコマンドライン、次の壁がRでしょうか。最近、海の向こうでは壁を作るのがはやってるみたいですが、壁はピンクフロイドだけにしておいて、目指せMoiture、サルでもできるRの続きです。

2017年01月31日(火)

RNA結合タンパク質研究の今後

投稿者:

 2年間、大変お世話になりました。沢山の新進気鋭の研究者と知り合うことができ、研究や仲間の広がりという意味では大変実り多い2年間でした。

 私が本領域に参加した頃には、PAR-CLIP法というRNA結合タンパク質の標的を網羅的に同定する手法をラボ内でできるようになって数年が経過した頃 でした。この領域の発展は目覚ましいものがあり、最初にHITS-CLIP法が発表されてから、PAR-CLIP法、iCLIP法と改変され、その後も hiCLIP法、eCLIP法と新たな解析法が発表されました。また、修飾を解析するmiCLIP法やRNA結合タンパク質を網羅的に同定するPAR- CL法などCLIP法を原点とした派生法も多く誕生しました。PAR-CL法を使った論文によると、ヒトには最大1,500個ものRNA結合タンパク質が 存在する可能性が示唆されています。その大方は標的も機能も定かではないものですので、私はこれらの論文を読んだ時に、次々機能未知のRNA結合タンパク 質にPAR-CLIPを行えば、当分の間飯の種には困らないのではないかと考えたものでした。   

2017年01月28日(土)

昔のあなたの方が好きだったわ

投稿者:

そんなことを言われたらドキッとしますよね。
つい先日北海道で行われた領域会議の後の食事の後のお部屋で三次会の一幕。ここでは匿名でNさん、としておきますが、なんでそうなったのか忘れましたが、行き場がなくてたどり着いたホテルの一室で(誤解を招く書き方か)Nさんとの激論?が起こったのでありました。

ここ数年で、コテコテのベンチ屋でもある程度の次世代シークエンサーのデータ解析ができる環境がどんどん整ってきました。なんのセットアップも必要なくNCBIのBLAST感覚で手軽に利用できるのがクラウドベースの解析環境で、老舗のGalaxyに加え、最近はセルイノベーションプログラムで整備された遺伝研のMaserなどがきめ細やかなサービスを提供してくれています。さすが遺伝研。また、とっても素人friendlyな「次世代シークエンサーDRY解析教本」などのスグレモノ書籍も出版され、my Macに各種ツールをインストールして自前でなんちゃってNGS解析しているwetな学生さん(性格がwetなわけではない)も数多くおられると思います。そう。もう、仕事をDryとWetなんて分ける時代ではない。今や時代は、理研CDBの工樂さんがおっしゃるところの、"Moisture"で行こう!です。(2/8追記:ったくこれだから素人は、、、というミスがありましたので訂正入れました

1 / 15

ブログアーカイブ

ログイン

サイト内検索