ncRNA+Blog NEO

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新学術領域研究「ノンコーディング RNA ネオタクソノミ」の公式ブログです。コメントはどなたでも歓迎します。

2017年01月20日(金)

超解像あれこれ

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「中川さんSIMって知ってる?やばいらしいよやばい。ミトコンドリアの内膜が見えるらしいんだよね。やばい。」と、
本領域の計画班員の鈴木勉さんから超解像顕微鏡のことを初めて聞いたのは2010年のこと。ちょうど、GérardさんとArchaさんたちが電子顕微鏡観察でパラスペックル内部でNeat1が規則正しく折りたたまれていることを報告した直後で、それだけやばい顕微鏡であればミトコンドリアの直径とさして変わらないパラスペックルの内部構造も綺麗に分かるに違いない!と、意気込んで大船のニコンの開発部にあるデモ機に早速サンプルを持ち込んで撮影してもらったのですが、ただの点にしか見えず。なんだこれ、大したことないやん。とか思っていたのですが、当時はカバーガラス厚が重要、マウント剤の屈折率が重要、カバーガラスをサンプルに乗せるのではダメ(カバーガラスにサンプルを貼り付ける・細胞を培養する)ということ正しく理解しておらず、点にしか見えなかったのは後から考えてみれば単にサンプルの調整の問題でした。ニコンさん、ごめんなさい。無知とは怖いものです。

2017年01月19日(木)

多田隈さん

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多田隈さんトリビアその1: 多田隈さんは一分子イメージングの専門家である。

多田隈さんと最初にお会いしたのは2009年の5月。研究室の中でRNAサイレンシングまわりの生化学系が色々と立ち上がりつつあった中、一分子イメージングを使って何か面白いことができないだろうか、という漠然とした興味をもち、柏の上田卓也先生・田口英樹先生の研究室(当時)に出かけていった時であった。雑多なアイデアを出し合い、話はとても盛り上がったものの、具体的に何をどう進めるのが良いかということに結論は出ず、とりあえずタンパク質に蛍光色素を導入するためのプラスミドを分注してもらって帰ってきた。

2017年01月14日(土)

グレートアーキテクト

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 私は幼少時代、父が設計した家で暮らしていました。外壁に真っ白なアスベストが組み合わさった幾何学的デザインの異彩を放つ家で、風呂もトイレも二階にしかありませんでした。居間でテレビに熱中していて、ふとトイレに行きたくなると、階段をダダダッと駆け上がって用を足し、そしてまたダダダッと戻ってくる、というのが我が家の習慣でした。ある日、遊びに来た友達に「どうしてトイレを一階に作らなかったの?」と真顔で尋ねられて、初めて自分が不可思議な家に住んでいることを認識したものでした。その頃よく聞かされたのは、上野動物園のゴリラ舎を父が設計し、そこにはブルブルという名物ゴリラが暮らしていること、都内には父が携わった建物がいくつかあるらしいことでした。

「ネット」=「妖しいもの」というのが一昔前は定番だったと思いますが、今ではすっかり市民権を得て、新聞やテレビよりも信頼できる、なんて言っている人もいるようです。その真偽はともかくとして、ネット上のSNSは情報収集という観点からはなかなかバカにならないものがありまして、先日の当ブログのエントリーにも、早速rnacintosh LC475さんからツッコミがありました。

ちょっと前に谷上さんも書いておられましたが、今の時代、ちょいと調べてみようか、と思った実験の結果が公共データーベースにのっているというのはよくある話で、自分の実験を組み立てる前にデーターベースを当たってみて情報収集をするというのは、ムダを省く上でも必須の作業になりつつあります。個人的に暇な時にちょいちょい見ているのがNCBIのGEO Profilesで、my favorite geneの名前を入れるだけで、その遺伝子が変動しているような解析をずらりと並べてくれます。気になる解析があればNCBIのWebインターフェースからちょっとした解析するも良し。GEO datasetから生データーを落としてきて自前で解析するも良し。何せ便利な世の中になったものです。

分子生物学会が横浜で開催されていますが、ncRNAがらみのシンポでは、午前に廣瀬さんと泊さんオーガナイズの
 ノンコーディングRNA「ネオ」タクソノミ: 分子機能の整理と予測
午後に近大の杉浦さんと僕がオーガナイズの
 RNAタンパク質巨大分子複合体が奏でる細胞運命制御
があります。

分生には参加してないよー、という方や、昨日の美喜子さんがオーガナイズされたpiRNAのセッションやRNA修飾のセッションを残念ながら見逃され方は、土曜日のTokyo RNA Clubで再放送がありますのでご安心を!

東京医科歯科大学、システム発生・再生医学分野の田中陽子と申します。領域からの若手フェローシップをいただき、11月6日~8日にかけて中国(広州)にて開催されたCell Symposium: Functional RNAsに参加・ポスター発表してきました。広州市は人口が1000万人を超える大都市ですが、ホテルに缶詰め滞在だったため、街はあまり満喫できずに帰ってきてしまいました。いつかもう一度観光に行きたいです。滞在中は外務省から「大気汚染に関する注意喚起」がメールで届いた通り、ホテルからの景色はいつも霞んでいました(写真)。中国は秋~冬季にかけて大気汚染が発生するようです。

2016年11月15日(火)

tRNA 2016参加レポート

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 東大新領域・富田研究室の山下です。3月までつくばの産総研でしたが、ラボと一緒に柏に引っ越してきました。今後ともどうぞよろしくお願い申し上げます。昨年に引き続き領域からのサポートをいただいて、韓国で行われたtRNA conference 2016に参加してきました。会場と学会のレポートを報告いたします。

2016年11月02日(水)

1足す1は2よりもっと

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論文というのはその核心を捉えた時から実際の原稿の受理までには時間がかかるもので、衝撃のデータを目にして雷に打たれたように全身が痺れた瞬間であるとか、これだ!これだ!この技術さえあればうまくいくと世の中全てがバラ色に思えるような、新婚当時のウキウキした気分に勝るとも劣らぬ高揚した気分(今がウキウキしていないとは言っていません)は、数カ月、数年越しのクソ思慮深きレフリーとのバトルを終え枯れ果てた悟りの境地に入ってしまうと、今更どうこう話す気分にもなれないものです。でも、この論文だけは発表後も新婚当時のウキウキした気分が続いているので(今がウキウキしていないとは言っていません)、その馴れ初めから論文に至るまでを、3回シリーズで、、、いや、いつも分量が多くなりすぎるので、今回は読み切りでお伝えします。

2016年11月01日(火)

第三回領域班会議レポート

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京都大学ウイルス・再生医科学研究所 大野研究室ポスドクの堀川です。

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