2015年06月06日(土)

チャーミングな画像解析ツールwndchrm(2)インストール編

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今回wndchrmをインストールしたMacのOSXはYosemiteですが、大概のOSXで動くと思います。まずはツールをインストールするための準備。以前の記事の「NGSデータをIGVブラウザで見るまで」の「Section III NGS解析環境づくり-基本Mac OSXの場合」のところにありますが、Xcode、Command Line Tools、homebrewがインストールしてあることが前提です。

WndchrmはTIFF画像を扱うためにlibtiffというツールを、画像をフーリエ変換するためにfftwというツールを必要としています。また、出てきた結果から系統樹を作成するためにはPhylipsが必要になります。homebrewがあれば、インストールも鼻息まじりでルンルン!Terminalに以下のコマンドを打ち込むだけですね(Error: No available formula for XXXのエラーが出た時はbrew search XXXで探して省略パスでなく完全なパスを指定すればインストールできます。大体のツールはhomebrew/science/XXXと指定すれば良いはず)。

brew install libtiff
brew install fftw
もしくは
brew install homebrew/science/libtiff
brew install homebrew/science/fftw

なんと簡単なんだ。しかしこれに慣れきっていたために思わぬ落とし穴が、、、実はPhylipsもhomebrewでインストールできるのですが、そこで作成されたフォルダ構造は、ダウンロードページからファイルを落としてきた時と違うみたいで、動きません。一週間ぐらいはまってました。。。というわけで、phylipsのダウンロードページに行きます。現在のバージョンはphylip-3.695でこちらからダウンロードできます。

ダウンロードされたファイルをダブルクリックし、解凍されたフォルダを適当な場所に移動。僕は、Linux系のツールは全てhomebrewが使っている/usr/local/Cellarに入れています。今のところ特に問題はないようです。フォルダの移動もTerminalのコマンドでやるのがプロなのでしょうが、GUIに慣れきったボンクラ頭には難易度がかなり高いので、Macのファインダーで手抜き。ちなみにですが、どこだそこ?ファインダーではでてこないぞ?という時は、Finderの「移動>フォルダに移動」を選んで、/usr/local/Cellarと打ち込めば、見慣れたファインダーのウィンドウが開きます。

ただ、これだけでは動かないようで、これまた1週間ぐらいはまってしまいました。。。実験の合間にやってたから、、、とただの言い訳。気を取り直して、ともあれ、マニュアル読めマニュアル!ということで、インストールの細かい解説はphylipsのホームページにありました。
まずはOSXのファインダー上で

phylip-3.695/srcの中にあるlinkmacというファイルをコピー。
phylip-3.695/exeのディレクトリに移動してペースト。

ここでTerminalに戻って、phylip-3.695/exeのディレクトリに移動して以下のコマンドを入力。例えば、

cd /usr/local/Cellar/phylip-3.695/exe
chmod +x linkmac
./linkmac

するとlinkmacのアイコンが変わってなにやらファイルが生成されて完了。 ふう。。。 さて、いよいよwndchrmのインストールです。

wndchrmのページはこちら。現在のバージョンはwndchrm-1.52.775で、ダウンロードはこちらから。
ダウンロードされたファイルをダブルクリックし、これもOSXのファインダー上で、解凍されたフォルダを/usr/local/Cellar/の下に移動させます。で、このままでは動かないんですね。ここでも3日ぐらいハマってました。。。素人は怖い。マニュアル読め!マニュアル!ということで、こちらもWndchrmのページにちゃんと説明ありました。Terminalに戻って、wndchrm-1.52.775のフォルダに移動して、インストールのためのコマンドを入れます。たとえば、

cd /usr/local/Cellar/wndchrm-1.52.775
./configure
make
make install

これでインストール完了!です。いよいよ次回は実際の使用例を。

参考:インストールの時のTerminalのログファイルをこのページの下の方の添付ファイルの場所に置いときます。

中川 真一

北海道大学 薬学研究院 教授
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