featureCountsがリード数のデータを作ってくれましたので、あとは複数のサンプルのカウントデータをまとめた表を作って、それをDEseq2などのツールに投げて標準化を行って発現の比較をすればとりあえずひと段落。リード数による標準化が絶対必要だというのは直感的に分かりやすいのですが、なぜDESeq2やedgeRを通さなければならないのか。

サルでもできるマッピングの次はサルでもできるリードカウントです。ん？サルでできるカウントならサルカン2018か、、、まあ、変えるのはめんどくさいので、サルマップシリーズで続けていくことにします。今回はRNAseqの解析なので、まずはリボゾームのリードを除いておきます。この辺りの流れも二階堂さんのページに詳しいです。

「NGSデータをIGVブラウザで見るまで」を以前こちらで紹介したのは2014年。体感時流は年齢に比例して早くなるもので中年のオッサンにとってはついこの間の様な気もしますが、４年といえば結構な時間。AKBで顔がわかるのはさしこだけになってしまいましたし、tophatもGalaxyから卒業してしまいました。時代に取り残されないようバージョンアップをしなくてはということで、サルでも分かるマッピングの2018年版、略してサルマップ2018です。大きな流れとしては（１）Aspera connctでsraを落としてきてsamtoolsを使ってfastqに変換。HiSAT2でマッピングしてsamtoolsを使ってIGVでブラウザするまで。（２）featureCountsを使って遺伝子ごとのカウントのファイルを作成。edgeRで標準化してggplot2で色々解析するまで。の二本立てでいこうと思います。個々の作業は理研の二階堂さんのページを参考にさせていただきました。

ncRNA研究者のコミケ、もとい、意見交換会（これも微妙か）もいよいよ最終日。昨日の晩御飯ではアルコールが出なかったこともあり、体調も万全。今日も面白い話が次々と。

ミーティングも3日目に突入。気の抜けないトークが続きます。今日はすでに論文になっている3つのlncRNA、SAMMSON、lncND、Pinkyのトークがありました。前者二つはヒト（霊長類）特異的。mutant study大好き人間としてはちょっと消化不良なところもあるのですが、分子メカニズムまでしっかり詰められているとても綺麗な仕事です。

二日目は朝の9時から夕方6時まで17演題みっちり。KeystoneやGordonと違って午後の休憩時間がないこのスケジュール、もうそう若くはない時差ぼけの身にはこたえるなあと思っていたのですが、今回気づいたのはイスラエルと日本の時差はそれほどないということ。夏時間だとたった6時間。これぐらいだと時差ぼけはそれほどでもないすね。オーストラリアは時差なし天国でしたが、こんだけクリアーな頭で欧州圏のミーティングに参加することができるというのは新しい発見でした。タイムゾーンもどストライク。ミーティングトピックもどストライク。今日も楽しくレッツゴーです。

イスラエルはRehovotにあるWeismann Instituteで開催されている、EMBO meeting "Noncoding RNAs in embryonic development & cell differentiation" にやってまいりました。

　前職の理研在籍時から続いていた仕事の最後の宿題、細胞タイプ特異的なエピゲノム修飾解析の論文をようやくまとめることができました。ChIPなどを行ったテクニカルスタッフの水戸さんのWetの実験手技は正確無比だし、floxマウス作製をお願いした神戸理研のLargeチームはコンビニ感覚で変異マウスを作ってくださるし、神戸理研の工樂さんのところのライブラリ作製からシークエンスのクオリティーと安定感は抜群だし、和光理研の若きエース岩崎さんのデータ解析の視点はド的確で図も綺麗だし、僕はマウスの解剖係、と、それぞれのスキルを活かした完璧な分業体制のおかげで、とても良い仕事に仕上がったなあと自画自賛しております。ほんとうに、持つべきものは良き共同研究者です。はい。

学位を取って研究の世界に入ってかれこれ20年近くが経とうとしているわけですが、20年前と今とでは世の中の研究のスタイルや潮流が大きく変わっていることに改めて驚かされます。