東京大学薬学部、生理化学教室(北川研究室)所属の伊藤慶と申します。11月5日から7日にかけて開催された国際学会『JAJ RNA 2018』に参加させていただきましたので、ここに報告いたします。

奈良先端大・バイオで助教をしております大谷美沙都と申します。

このたび、日本とオーストラリアのRNA研究者交流を目的とした国際会議「JAJ RNA 2018」（「ノンコーディングRNAネオタクソノミ」協賛）のミーティングレポートを仰せつかりました。私は植物のRNA代謝制御や細胞分化・脱分化制御を主戦場として研究しているのですが、実はこれまで「ノンコーディングRNAネオタクソノミ」領域と直接的な関わりはありませんでした。この度、何の因果か幸運にも本会議での講演の機会をいただきましたので、いわば「外部からの目」ということで「JAJ RNA 2018」の紹介をさせていただければと思います。

CSHL Asiaに初めて参加してきました。会場は上海のすぐ西にある蘇州。KeystoneにしてもGordonにしてもEMBOにしても、この手の泊まり込みミーティングは大概欧米で開催されるのでたどり着くまで一苦労。ついたらついたで時差ぼけで、頭は朦朧、体はクタクタ、というのが相場でしたが、飛び立って3時間足らずでもう上海。感覚的には新千歳から熊本に行くのとほとんど変わらず、ああそうかヨーロッパの人達やアメリカの人達はこんな感じに気軽に来ているのか、そりゃ交流も盛んになるわいな、というのを改めて強く感じました。そういう意味ではこれだけ近場で隔年でRNA関連のCSHL meetingが開催されるというのはとてもありがたく、再来年はorganizing committeの萩原さんによれば淡路島で開催されるらしいので、今からとても楽しみであります。

どこでもだれでも簡便に驚きの高効率で変異マウスが作れる東海大の大塚さん・鹿児島大の佐藤さん開発のiGONAD法。うちのラボに導入して一年半余りたち、ようやくコツらしきものが掴めてきました。講習会で教えていただいた神業の域にはまだまだ達していませんが、「素人」が手を出してどこにつまづいたのか、どうやって改善できたのかをまとめておきたいと思います。

東大定量研RNA機能分野(泊研)に所属しております博士課程3年の坪山幸太郎と申します。今回、領域のご支援を頂いて、Intrinsically Disordered Protein (天然変性タンパク質、以下IDP)のゴードン会議に参加させていただきましたのでご報告いたします。

公共データベースから大量にsraファイルをダウンロードしてきたり、自前のRNAseqのデータがわんさかある時、フォルダ内のファイル名を取得して一括処理する場面が往々にして出てきます。Rの場合はlist.filesという便利なコマンドがあるのでファイル名をベクターに入れてforループでまわせば良いですが、ターミナルの時はどうするんだろう？スペイン語をマスターするとイタリア語もある程度わかるらしいですが、Rをちょとかじったぐらいではターミナルのbashはとてもとても、、、とりあえずググってもなんだか？の記事ばかりで、まあ、このあたりは検索ワードのチョイスのセンスがないと路頭に迷いがちなのですが、なんとかとてもわかりやすい記事にたどりつきました。早速その内容を取り入れてサルマップ2018のまとめをアップデートして、ついでに少しでも同じような境遇で同じようにつまづいているベンチ屋と情報共有しようとTWしたら、これがすごい勢いでレスがついてなんだかすごく役に立ちそうなので、こちらにまとめておきます。

featureCountsがリード数のデータを作ってくれましたので、あとは複数のサンプルのカウントデータをまとめた表を作って、それをDEseq2などのツールに投げて標準化を行って発現の比較をすればとりあえずひと段落。リード数による標準化が絶対必要だというのは直感的に分かりやすいのですが、なぜDESeq2やedgeRを通さなければならないのか。

サルでもできるマッピングの次はサルでもできるリードカウントです。ん？サルでできるカウントならサルカン2018か、、、まあ、変えるのはめんどくさいので、サルマップシリーズで続けていくことにします。今回はRNAseqの解析なので、まずはリボゾームのリードを除いておきます。この辺りの流れも二階堂さんのページに詳しいです。

「NGSデータをIGVブラウザで見るまで」を以前こちらで紹介したのは2014年。体感時流は年齢に比例して早くなるもので中年のオッサンにとってはついこの間の様な気もしますが、４年といえば結構な時間。AKBで顔がわかるのはさしこだけになってしまいましたし、tophatもGalaxyから卒業してしまいました。時代に取り残されないようバージョンアップをしなくてはということで、サルでも分かるマッピングの2018年版、略してサルマップ2018です。大きな流れとしては（１）Aspera connctでsraを落としてきてsamtoolsを使ってfastqに変換。HiSAT2でマッピングしてsamtoolsを使ってIGVでブラウザするまで。（２）featureCountsを使って遺伝子ごとのカウントのファイルを作成。edgeRで標準化してggplot2で色々解析するまで。の二本立てでいこうと思います。個々の作業は理研の二階堂さんのページを参考にさせていただきました。