新学術領域研究「ノンコーディング RNA ネオタクソノミ」の公式ブログです。コメントはどなたでも歓迎します。
はじめまして。公募班で参加させていただくことになった金沢大学の堀家と申します。
「自己紹介」ということで書こうと思っておりますが,なにせ文章を書くことが苦手で(小学生時の夏休みの読書感想文が大の苦手でした),前回,4年間「非コードRNA」の公募班に入れて頂いておきながら,結局最初の一回,自己紹介を書いただけで終わってしまいました。(すいません。)本当に,中川さんたちの情報発信力といいますか,文才には,ただただ感心してしまうのと同時に尊敬してしまいます。「RNAタクソノミ」では,今回の自己紹介だけに終わらないように情報発信できればと思っております。
公募班として参加する木立尚孝と申します。本プロジェクトにおいては、RNA結合タンパク質結合部位周辺の二次構造モチーフのバイオインフォマティクス解析を行うとともに、解析結果のデータベースの開発を行うことにしています。
生体分子のモデルの中でも、RNA二次構造の計算モデルは特に上手くいくモデルです。このモデルでは、生化学者Turnerらにより計測された自由エネルギーパラメータに基づき、天文学的な数の二次構造候補を網羅的に探索・評価することができます。また、統計力学のボルツマン分布に基づいて、配列の各領域でのステムの組みやすさなどを完全に計算することができます。このような計算ができるのは、情報科学において人間の言語を理解するために発展した、文脈自由文法理論のおかげです。この計算モデルを用いるとRNAの塩基対の六−七割を正しく当てることができます。
皆様はじめまして、公募班で参加させていただくことになった東邦大学の川田です。生まれも育ちも北海道の生粋の道産子のため、これからの季節が苦手です。
私はRNAの専門家ではありませんので、この公募に採用されて良かったのかどうか未だに自分でも分かりませんが、そこは専門家勢揃いの皆様のご助言を仰ぎながら進めていきたいと思います。微力ですがこれから2年間どうぞ宜しくお願い致します。
東邦大学の本部は東京都大田区大森の地にありますが、我々がいる習志野キャンパスは千葉県船橋市にあります。船橋市にあるのに何故か習志野キャンパスです。ここにポストを得たのは15年くらい前で、その前は6年半ほどイギリスにいました。イギリスにいる時から細胞性粘菌という微生物を材料に扱っていますが、この生き物との関わりはもっと前からになります。
この領域の前身(?)だった、非コードRNAマシーナリーの公募でお世話になりました東京医科歯科の小林慎です。以前から、ncRNAの業界は若手が活発に仕事をしている印象がありました。この領域でも活動的な若い研究者がたくさん参加されているので、お互い良い刺激を受け、研究を発展させられたらと考えています。
北大の長尾さんはパソコン少年だったそうですが、私は元々手先を動かして何かを作るのが好きな模型少年でした。ガンダムやスター・ウォーズのプラモデルをいわゆる「改造」して、良く作った記憶があります。またラジコンづくりなど機械いじり全般が好きでした。
京大の藤田さんによる、昨年の秋に行われたJAJのミーティングレポートをお届けします。なんで今頃?といぶかしむ方もおられるかもしれませんが、せっかく送ってもらっていたメールが白ヤギさん状態になっていたようで、スミマセン。。。半年遅れになってしまいましたが、どうぞ!(中川)
皆様初めまして。京都大学生命科学研究科の分子応答機構学研究室に配属していますD3の藤田賢一と申します。
日本RNA学会より資金的援助を受けて日本 — オーストラリア二国間ミーティングであるjajRNA meetingに参加し、ポスター・口頭の両発表をさせていただきましたので、遅ればせながらその感想を綴りたいと思います。
はじめまして、公募班で参加させていただく北海道大学の長尾です。
北海道大学の中心部にいる領域代表の廣瀬さんとは違い、正門から最果ての牧場のとなりにいます(写真)。
ここでは、私のバックグラウンドの話を書きたいと思います。
現在は、転写不活性なゲノム領域であるヘテロクロマチン構築の分子機構の研究をしています。ncRNAとはずっと無縁のところにいましたが、不活性化X染色体の凝縮構造(バー小体)がHBiX1-SMCHD1複合体とXIST lncRNAとが協調して働くことで作り出されるという仕事をしてから、ノンコーディングRNAに興味を持ちこの領域に参加することとなりました。その前は、柳田充弘教授のもとで分裂酵母を使って、京都大学 (大学院生) と現OIST (ポスドク) で姉妹染色体分体の分離・分配、DNA損傷修復などの研究をしていました。
ですので、生命科学のバックグラウンドは染色体なのですが、本当のバックグラウンドは、パソコン少年です。
公募班として参加させていただく西増です。
わたしは、現在、CRISPR-Cas9などのリボヌクレオプロテイン複合体の構造と機能を研究しています。学生時代は、東京大学大学院農学生命科学研究科で古細菌の糖代謝酵素の機能解析と結晶構造解析を行っていました。ちょうどそのころ、リボスイッチ、miRNAやpiRNAなど新しい非コードRNAが相次いで発見され、RNAサイレンシングの分子機構が解明されつつありました。リボスイッチやDicer、Argonauteの結晶構造を決定し分子メカニズムを解明した論文を読み、非コードRNAの研究がしたいと考えるようになりました。
はじめまして。東大の谷上です。
東京大学 分子細胞生物学研究所 秋山研究室で、ヒト大腸がんを対象としてlncRNAの研究をしております。
自己紹介を少し。。。
私は、2005年に京都大学を卒業し、卒業論文としてアゲハチョウの味覚研究を行いました。アゲハの研究は個体の維持が大変で、今でもアゲハのペアリングは得意技術です。