RNA結合タンパク質（RBP）は、非コードRNAやmRNAに結合し様々な細胞機能を活性化させます。一般にRBP結合サイトは、転写因子結合サイトに比べ、短く特異性の低い一次配列モチーフしか持たないことが知られています。これはRNAの局所構造が結合選択性に大きな役割をもつためであると考えられます。従って、結合サイト周辺のRNA構造の解析は、RBPの分子認識機構の解明に重要です。そこで、本研究では、RBP 結合サイト周辺に頻出する、塩基配列と二次構造からなる複合的な機能性RNAモチーフを、CLIP-seqデータから発見するための、RNAインフォマティクス技術の開発を行い、RBPのターゲット分子認識機構の解明を目指します。また、非コードRNA遺伝子の局所RNA二次構造に作用する進化選択圧の検出法を開発することにより、種間保存度の低い長鎖非コードRNAにおける、RBP結合領域の構造保存性の検証と、新しい機能性構造領域の発見を行います。このような一連の研究の過程で、既知のRBP-RNA相互作用に関する情報の収集・整理を行い、RBP-RNA結合に関するデータベースを公開します。
